Este museo arqueológico está situado en el anexo de San Miguel, distrito de Leymebamba.

A partir de una iniciativa de unos pobladores en el año 1997, se hallaron unos restos funerarios de la cultura Chachapoyas ubicados en un farallón de roca en la Laguna de los Cóndores, quienes dieron aviso a las autoridades de la comunidad de Leymebamba. Junto a un grupo de arqueólogos emprendieron la travesía para recuperarlos y así poder preservar este valioso hallazgo arqueológico que podía desaparecer por visitantes inescrupulosos. La tarea fue muy difícil ya que se hizo a caballo entre la espesa vegetación y la lluvia intensa.

Este museo fue construido específicamente para albergar esta valiosa colección con 261 momias y más de 200 bienes funerarios; su arquitectura guarda una completa armonía con el entorno, usando muchos conceptos y detalles propios de la colección que alberga, como el uso de la piedra, muros circulares y frisos. Fue inaugurado en junio del año 2000, cuenta con 5 salas: 3 salas de arqueología, 1 de etnografía y 1 de actividades divulgativas.